肛窦炎的治疗以非手术治疗为主，如果肛窦炎反复发作，且肛隐窝内形成脓肿，或伴有肛乳头肥大、瘘管形成，需要行手术治疗，可以应用中药及西药治疗，口服中药凉血地黄汤，起到滋阴清热、凉血止痛的作用。还可以应用有效的抗生素，控制局部的炎症，肛门内可以塞入肛泰栓、九华栓，还可以进行中药保留灌肠，起到抗炎的作用。还可以应用理疗，采用微波治疗，平时应当保持肛周清洁，经常收腹提肛，进行提肛锻炼，常用的手术方法包括肛窦切开引流以及肥大肛乳头切除术。