非IgA系膜增生性肾小球肾炎的病理特点为，在光镜下可见系膜细胞的弥漫性增殖，伴有细膜基质增多，一般在病变的早期，主要以系膜细胞的增殖为主，在中等病变每个系膜区的系膜细胞数为四到五个。而在较严重的病变中，每个系膜区的系膜细胞数，都超过五个以上，在病变后期，肾小球的病变则以系膜基质的集聚为主要表现，严重者可以出现系膜插入现象和系膜硬化。约有半数的患者在系膜区，可见散在的免疫复合物沉积，肾小球毛细血管基底膜正常，毛细管腔开放良好，大多数患者的肾小管间质组织以及肾内小动脉无异常改变，病变严重时可以出现，间质炎细胞浸润、肾小管萎缩以及间质纤维化等表现。