胃间质瘤的病因至今不是很明确，现在认为基因突变可能与该病的发生有关，大部分病例有酪氨酸激酶或血小板源性生长因子受体α的基因突变，诱发因素可以包括环境因素，但是并没有一个明确的结论，如土壤或水源中的微量元素，环境中的放射性因素可能都与胃间质瘤的发病有关；某些遗传性疾病，如神经纤维瘤病一型，也有可能会增加患者胃间质瘤的风险。胃间质瘤是一种常见的胃肠道间质源性的肿瘤，可能无症状，部分患者可能是在体检时发现可能会出现腹痛、腹胀、呕血、黑便、腹部包块等，一般来说预后比较好，部分有高危因素的患者可能会出现术后复发。