阿奇霉素的副作用经常多见，在临床上长期用阿奇霉素，有可能会引发一些不良反应，其中最常见的就是胃肠道反应，有可能会出现腹泻、恶心、腹痛，再就是有可能引起呕吐、厌食、消化不良、胃肠胀气，还有可能会引发过敏，出现皮疹、皮肤瘙痒。严重的会出现血管神经性水肿、支气管痉挛。另外还有可能会引起肝、肾功能方面的影响，有可能会导致肝功能不全，引起肝炎、胆汁淤积性黄疸，偶尔可以引起肝坏死、肝衰竭。还有比较罕见的副作用，可能会引起间质性肾炎、急性肾衰。血液系统方面会导致血小板减少，对心脏也会产生影响，导致心律不齐、心动过速。神经系统方面会导致头晕、头痛、嗜睡、眩晕、焦虑不安的表现。