女性的子宫内膜异位症的病因至今不是特别的明确，有较多的学说。其中最主要的是子宫内膜的种植学说，是指女性在月经期的时候，子宫内膜的腺体和间质细胞，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，就种植在卵巢和邻近的腹膜上，并且在该处继续的生长，形成了盆腔的子宫内膜异位症，这也就是经血的逆流学说。其次，还有体腔上皮化生学说、诱导学说，还有遗传因素、免疫和炎症的因素等各方面都是造成子宫内异症的病因学说。