骨化三醇胶丸主要的副作用是部分患者服用之后会出现有荨麻疹，还可出现有高钙血症、食欲减退。以及情感淡漠，还可伴随出现有头痛、肌肉无力、感觉障碍，伴有腹痛、恶心、呕吐、便秘，甚至会影响发育，导致发育迟缓。部分患者还可以出现有泌尿系统的感染，出现有多尿，伴有发热，甚至会引起血清中肌酐的升高，可出现有体重降低。这个药物主要适用于绝经后骨质疏松、慢性肾功能衰竭，尤其是接受血液透析的病人之肾性骨营养不良症，以及术后甲状旁腺功能低下的患者。