导致舌头痛的原因包括口腔疾病和非口腔疾病。口腔疾病包括各类疾病引起的炎症、充血、糜烂、溃疡甚至癌变，引起三叉神经痛和舌咽神经痛。这类原发性舌神经痛，也没有食物的病史，而与神经官能症、神经心理、情绪障碍、神经性障碍疾病性激素生理反应等各因素有关。非口腔疾病包括艾滋病、梅毒、各种贫血、维生素、叶酸缺乏等口腔疾病。常见于抗生素或者免疫抑制，长期服用容易出现舌头疼。