三个月的宝宝咳嗽鼻塞，很可能是属于上呼吸道感染，大多数是属于病毒性的感染，因此可以选择应用抗病毒的药物进行治疗，主要是通过抑制病毒生物合成的药物，或者应用提高免疫力的药物，激活自身的固有免疫或者特异性的免疫杀灭病毒治疗。可能是细菌性的感染造成的，因此可以选择应用青霉素类的抗生素或者头孢菌素类的抗生素控制感染治疗，并且做好对症处理等。