无论是急性感染性腹泻还是慢性感染性腹泻，大便形态改变，腹痛形成，到微生态紊乱，而肠道微生态紊乱，可进一步加重腹泻，影响腹泻的愈后。在感染性腹泻中，病原学诊断非常困难，且明显滞后，故感染治疗均为经验性的治疗。在感染性腹泻中，病毒感染所占比例较高，其有一定的自限性，使用抗生素无效，故抗感染治疗不作为首选。对于有脓血便伴全身中毒症状者，以经验性使用口服抗病毒药，推荐使用喹诺酮类，磺胺类抗菌药物。对严重细菌性腹泻伴呕吐者应给以环丙沙星，左氧氟沙星等以及第三代头孢。对于出现低血压，溶血性休克，麻痹性肠梗阻，脏器功能障碍等并发症的患者，应及时给予三四代头孢菌素治疗，且须立即行纠正休克，并及时将患者转入监护或者上级医院治疗。