三个月宝宝咳嗽吐奶考虑呼吸道疾病可能性大。三个月宝宝咳嗽吐奶最常见的是上呼吸道感染，以病毒感染为主，比如呼吸道合胞病毒、腺病毒、副流感病毒以及肠道病毒等。当病毒感染呼吸道后，容易出现分泌物增多，从而会导致咳嗽，宝宝咳嗽时容易刺激咽喉部出现呕吐反射，从而出现吐奶的情况。而且致病菌感染后容易导致肠道功能紊乱以及菌群失调，也容易出现吐奶的情况。需要注意观察，积极进行对症治疗，合理喂养，尽量以少量多餐为主。