男性小便后疼痛的处理方法如下：1.如果是泌尿系统疾病所导致的小便后疼痛，比如尿道炎，确诊后主要是进行抗菌治疗，比如左氧氟沙星、阿莫西林等。并且也要多饮水、大量排尿、清淡饮食，通常在2周左右会完全治愈。2.如果男性的尿道存在损伤，也会引起小便后疼痛的症状。应当多注意休息、禁止性生活，通常会逐渐地自愈。3.如果男性小便后疼痛为尿道结石所引起，应当通过泌尿系统B超等检查明确结石的具体位置，以及大小，然后进行排石处理。结石排出后，小便后疼痛的症状也会缓解。