十二指肠溃疡诊断的金标准是胃镜，其次为X线钡餐检查及幽门螺杆菌检测。胃十二指肠镜检查是消化性溃疡诊断的金标准，因为胃镜可以直观的观察有无病变，并且对溃疡进行分期以及鉴别溃疡的良恶性，而且镜下若发现溃疡合并有出血，可以对其进行止血治疗。若患者存在胃镜的禁忌症，或者不愿意接受胃镜检查，那么可以应用x线钡餐检查，但是因为这个检查具有辐射，现在逐渐已经很少应用。大多数的消化性溃疡都会合并幽门螺杆菌感染，因此任何消化性溃疡均应该检测幽门螺杆菌。