替硝唑为口服给药，治疗厌氧菌感染一次一克，一日一次，首剂量加倍，一般疗程五至六日，或根据病情决定。预防手术后厌氧菌感染于手术前12小时一次，顿服2克。治疗原虫感染如阴道滴虫病，首剂量2克顿服，小儿50mg/kg顿服，间隔三至五日可重复一次。治疗肠阿米巴病一次0.5克，一日两次，疗程5~10日，或一次两克，一日一次，疗程2~3日。小儿一日50mg/kg，顿服三日，肠外阿米巴病一次两克，一日一次，疗程三至五日。不良反应少见而轻微，主要为恶心、呕吐、上腹痛、食欲下降及口腔金属味，可有头痛、眩晕、皮肤瘙痒、皮疹、便秘及全身不适。此外还可有中性粒细胞减少，高剂量时也可引起癫痫发作和周围神经病变。