小肚子疼腰疼多数是由于肾结石导致，有肾结石可以出现腰部肾区疼痛、叩击痛，同时可以反射性出现小肚子疼痛，要早期进行肾脏彩超、CT检查，同时做尿化验来进行诊断，早期进行治疗。女性也可以是由于盆腔疾病而导致小肚子疼腰疼，比如卵巢囊肿蒂扭转或者是盆腔肿瘤破裂而导致腰疼，伴有小肚子疼，要做盆腔彩超、CT、核磁共振诊断和治疗。