肛窦炎的治疗主要就是分为手术的治疗以及药物的保守治疗两大类，手术的治疗主要就是切开引流的手术，还有一部分患者可以采用肛窦完全切除的手术方法。另外采用非手术的药物保守治疗，就可以采用一些抗生素药物进行口服，还可以通过中医药进行辨证论治，主要的目的就是对症治疗，抗感染治疗在临床上比较常用的就是一些抗生素药物口服，比如说使用广谱的抗生素药物，或者是使用甲硝唑、替硝唑等药物进行肛管直肠内的保留灌肠，还可以使用一些中药成分的制剂做肛门局部的泡洗，还可以进行一些理疗的方法，比如说采用红光照射等。