如果女性双侧附件有囊肿，具体怎样的治疗还需要根据具体的情况来判断的。如果囊肿的体积比较小，没有引起任何的临床症状，并不需要特殊的处理，定期做盆腔超声检查就可以。囊肿有可能是生理性的，会自行的吸收消失。如果在定期检查过程中发现囊肿逐渐增大，比如直径超过5厘米，或者引起临床症状，比如导致下腹部的疼痛，或者囊肿压迫周围的脏器，影响排便排尿等情况，就需要手术进行治疗的，可以选择腹腔镜微创手术，在身体的表面打3~4个洞，有特殊的仪器进入盆腔，将囊肿切除，切除的组织物还需要做病理检查，明确诊断。