细菌性肠炎可能由细菌感染所致，大肠杆菌、沙门氏菌、耶尔森氏菌等均可引发肠炎。病原体感染小肠，引发细菌性肠炎。另外长期应用抗菌素会导致肠道菌群失调，也会引发细菌性肠炎。不卫生的饮食习惯容易感染病菌也会引发细菌性肠炎。不注意手卫生也会通过粪口传播途径感染细菌性肠炎。儿童抵抗力较弱，肠道娇嫩，同时受到儿童不良习惯（如啃衣服、吃玩具）的影响，容易感染细菌，引发细菌性肠炎。