小孩疱疹性咽峡炎的病因主要是病毒感染，主要的病原体为柯萨奇病毒和肠道的病毒，病毒通过消化道或者呼吸道侵入机体引起的疾病。和儿童免疫力下降有关系，还和季节变化时，空气中较多的病毒有关系。病毒通过鼻咽、口咽腔侵入呼吸道及其消化道的黏膜，在黏膜上皮细胞及咽部和肠道淋巴组织中停留复制，然后释放到血液引起的一种疾病。主要表现为咽部疼痛、吞咽痛、口咽部可见散在的疱疹样的改变。疱疹性咽峡炎是一种自限性疾病，提高免疫力，对症治疗一般在一周之内可以痊愈。