男人尿痛的原因常常有泌尿系感染、膀胱或后尿道结石、异物、肿瘤等等。泌尿系感染如急性或慢性膀胱炎、尿道炎，由于炎症所造成膀胱粘膜与后尿道的刺激，造成膀胱区以及后尿道产生痉挛，导致排尿疼痛发生。膀胱结石或者后尿道结石，排尿时下尿路阻力增强，同样导致膀胱肌组织或尿道肌肉组织痉挛而导致男人排尿疼痛。尿痛还有些少见的原因，比如有膀胱或者后尿道肿瘤，由于肿瘤导致排尿时下尿路阻力增加，也会导致尿痛发生。尿痛还有些原因是膀胱或者后尿道内有异物，由于异物刺激而导致排尿时发生男人尿痛表现。