舌根疼的原因主要有以下几种：第一、舌根部的舌乳头发炎，舌根分布着轮廓乳头和叶状乳头，这两种舌乳头发炎会导致红肿、充血、疼痛，发炎乳头质地较硬，容易误认为长了肿物。第二、舌根黏膜出现溃疡，后牙牙齿错位或牙尖尖锐很容易咬舌根侧缘的黏膜，引起黏膜溃疡。溃疡会导致黏膜充血、破溃、糜烂，在说话和进食时引起剧烈的疼痛。第三、患有疱疹性咽峡炎，该病由单纯疱疹病毒感染引起的，在咽喉部附近出现小水疱，水疱破溃形成溃烂面，导致疼痛。第四、慢性咽炎和扁桃体炎等也会波及到舌根部，引起舌根部淋巴滤泡的增大和舌下区淋巴结肿大并伴有疼痛。