可以是由于各种病原菌的感染，导致孩子的肠胃功能受损，孩子消化吸收功能变差，正常的肠道蠕动节律发生紊乱。可以是病毒感染引起，也可以使由于各种细菌感染导致，包括支原体感染、衣原体感染或者是真菌感染等。而有的孩子都是跟过敏相关，由于各种过敏原的接触导致孩子肠胃过敏，出现过敏性结肠炎。可以是对周围的环境过敏，包括粉尘、尘螨，也可以是对接触的花草、宠物、床单、被褥等过敏。有的孩子是对饮食过敏，可以是异体蛋白饮食，也可以是膨化剂添加剂食物。