头孢克肟的副作用大多短暂而轻微，比如它可能会引起过敏反应，常见的有皮疹、荨麻疹、红斑，少见的是瘙痒、发热、呼吸困难、全身潮红及过敏性休克。胃肠道方面，常见的是腹泻，胃部的不适，少见胸部烧灼感，食欲缺乏，恶心、呕吐、腹痛、腹胀、便秘及菌群失调所致的口腔炎，口腔念珠菌症，粘膜性肠炎等。引起呼吸系统少见，伴有发热、咳嗽、呼吸困难、嗜酸性粒细胞增多等症状，间歇性肺炎或者是肺嗜酸性粒细胞浸润症。血液系统常见嗜酸性粒细胞增多，少见粒细胞减少，溶血性贫血，血小板减少。肝脏常见丙肝酸氨基转移酶，天门冬氨基转移酶，碱性磷酸酶升高，少见的是黄疸。肾脏少见尿素氮的升高和急性肾功能不全。