百日咳的治疗有一般治疗按呼吸道传染病对患者进行隔离，通常隔离至有效抗生素治疗五天后。保持室内安静、空气流通、温度适当，鼓励进食营养丰富、易消化的食物，并可以补充各种人体所需的维生素。对症处理就是强烈咳嗽的时候给予镇咳药，痰液黏稠可以给予化痰的药，雾化吸入。针对百日咳的抗菌药物治疗，主要是首选大环内酯类抗生素，如红霉素、阿奇霉素或克拉霉素，在卡他期使用能减轻甚至不发生痉挛咳嗽。