小肚子疼、腰疼，要考虑以下几个原因：一、如果出现尿频、尿急、尿痛、血尿等，要考虑泌尿系统的疾病，如泌尿系统的结石或者泌尿系统的感染；二、如果是女性的患者，还要考虑妇科的炎症，比如盆腔炎、附件炎等。出现小肚子疼、腰疼，要及时到医院进行检查。可以做血常规、尿常规、泌尿系统彩超的检查。如果是女性，还要做妇科彩超的检查，以明确诊断，根据检查的结果进行处理。以上健康科普知识仅供参考。