支气管镜在临床上主要用于肺不张、支气管内膜结核、支气管肺癌等疾病的检查，还还有一些不明原因咯血，以及胸腔积液患者，也可以做支气管镜检查。做气管镜可以钳取支气管内疑似病变组织，进行病理活检，有助于判断恶性肿瘤的分型以及分期，同时也可以吸取周围的分泌物、痰液，或是进行肺泡灌洗，或是气道黏膜进行刷检，来判断是否有真菌、细菌、结核杆菌的感染。同时还可以用于临床上的治疗，比如支气管镜下吸痰以及支架的植入手术等。一般是经由患者的口腔、鼻腔再到气管、支气管，医生可在直视下进行明确的观察。