肛门脓肿治疗方法分为保守治疗和手术治疗。肛门脓肿早期，尚未化脓，处于炎症浸润期，可应用抗生素进行抗感染治疗静脉补液、降温治疗等。肛周脓肿一旦形成，要采取手术治疗，常用的手术方法有肛门脓肿切开引流术，将脓肿切开后引出脓液、清理脓腔、修剪创面、通畅引流，切开引流后，大多数会形成肛瘘，需要二次手术。现在大多数手术在切开引流同时，对存在有内口的一起将内口处理，防止形成肛瘘，有切开挂线术，保留括约肌根治术等术式。