慢性咽炎病因复杂，可由多种因素引起，如细菌，职业，环境，咽喉反流和过敏性疾病等。基本病因包括局部因素，急性咽炎，反复发作，转为慢性上呼吸道慢性炎症刺激，如慢性鼻窦炎，鼻咽部炎症等。可引起炎性分泌物，经后鼻孔至咽后壁刺激粘膜，亦可因其使患者长期张口呼吸，引起粘膜过度干燥，导致慢性咽炎。胃食道反流可刺激咽部，引起本病。全身因素，多种慢性病如贫血，心血管疾病，肝肾疾病等可引发本病。此外，内分泌紊乱也会引发慢性咽炎。