首先，虽然金匮肾气丸和右归丸都是温补肾阳的中成药，但是金匮肾气丸，在温补肾阳的基础上，还可以化气行水，主要治疗肾阳不足，兼见阳虚水泛，出现水肿、小便不利的病人使用；而右归丸，是在温补肾阳的同时，可以发挥填精止遗的作用。尤其适合肾阳不足，出现阳痿遗精，小便清长，大便不成形，腰膝冷痛，畏寒肢冷的病人服用。其次，二者在药物组成上，也不尽相同。金匮肾气丸是在六味地黄丸的基础上加减而来；而右归丸的药物组成是附子、肉桂、熟地黄、山药、山茱萸、菟丝子、鹿角胶、枸杞子、当归、杜仲。