生理期牙疼首先要明确引起牙疼的具体原因：1、如果是智齿引起的疼痛，需要让医生在智齿周围清洗上药，等炎症退去后就可拔掉牙齿，但要避开生理期。如果在生理期拔牙的话，有可能会出现代偿性出血。2、如果是牙髓炎或根尖周炎引起的牙齿疼痛，在生理期也可以做根管治疗。在牙齿上用专业的工具钻个孔，进行牙齿的根管治疗，先清理消炎上药。如果疼痛比较明显、症状较大的情况下，可配合应用全身抗生素类的药物进行治疗，比如头孢、甲硝唑、阿莫西林等都可以，但一定要避开过敏类的药物。