运动神经元损伤的治疗包括病因治疗、对症治疗和各种非药物治疗，具体如下：第一、病因治疗的发展方向包括抗兴奋性氨基酸毒性、神经营养因子、抗氧化和自由基清除，以及新一代的钙离子通道阻断剂、抗凋亡、基因治疗以及神经干细胞移植，但目前没有一个有效的治疗方法。第二、对症治疗，运动神经元损伤病变是运动神经元进行性变性疾病，最终会因为呼吸衰竭而死亡，没有有效的治疗手段，患者主要产生流涎、痛性痉挛、舒张期震颤、痉挛、疼痛及吞咽和营养障碍，所以对症治疗可以改善患者的生存状态。第三、心理治疗。第四、康复治疗。第五、终末期患者呼吸衰竭的防治。