作为一种有创的治疗，都会有出血、感染、神经损伤等风险。三叉神经手术风险的大小与手术技巧、手术条件是息息相关的。微血管减压手术是一种非常成熟的微创开颅手术。在正规的医疗机构，手术是在显微镜内窥镜的视野下进行的，是完全意义上的微创手术，手术风险率低于1%。如果不能接受开颅手术的风险，也可以选择风险更低的球囊压迫治疗，手术风险更低，但复发率相对较高，并且可以造成神经的终身麻木。此外，也可以选择射频消融手术，射频消融手术可以在局麻下进行，但是缺点是复发率可以高达50%。