男性小便阴茎刺痛多考虑为尿道炎症、尿道结石、前列腺炎等泌尿系统疾病。身体出现不适症状，应及时就医明确疾病性质，并对症治疗。患者因细菌、病毒等病原体侵犯了尿道，形成炎症进而刺激尿道，影响排尿，会引起男生上厕所小便刺痛；如患者平时爱喝浓茶或大量摄入番茄、菠菜等食物，可引起结石的发生，导致小便刺痛；引起前列腺炎的原因与长期饮酒吸烟、过度手淫、久坐不运动等因素有关系，前列腺炎也会造成小便阴茎刺痛。