胃间质瘤的主要原因有两点：第一、环境因素，环境因素是胃间质瘤产生因素中比较重要的一种。胃间质瘤的病因与各地方的饮食习惯密切相关，经常食用霉变、腌制、烧烤的食物类或者过多摄入食盐都可能增加胃间质瘤发生的危险性。生质的鱼肉类含有较多的3，4-苯酚醚，发霉的食物有很多的真菌毒素，腌制的食物中含有亚硝酸盐，这些物质都有致癌作用。第二、遗传因素，研究表明胃间质瘤的病因与遗传也有关系。患者家属中胃间质瘤的发病率要高于一般人群，这可能是由于生活环境与饮食习惯相似，增加了胃间质瘤发病机会，这也表明遗传因素在胃间质瘤发病中起着比较重要的作用。所以胃间质瘤病因还是比较复杂的。具体来说，主要是和胃间质瘤细胞的C-kit 基因突变是有很多关系，导致胃间质瘤的增生、增殖，最后增大的过程。