沙眼衣原体感染眼部可以导致慢性传染性结膜，角膜炎，俗称沙眼。沙眼的治疗，主要以局部用药治疗为主，包括肽丁安滴眼液，利福平滴眼液，氯霉素滴眼液，红霉素眼膏等等。对于急性期或严重的沙眼，除了局部用药以外，还可以在医生的指导下口服磺胺类制剂进行治疗，对于晚期或瘢痕期的沙眼，可能还需要手术治疗。沙眼的治疗主要是对于早期的患者效果比较明显，比如对于浸润初期或活动期的患者是可以完全治愈的，但是对于瘢痕前期或完全瘢痕期。只能控制症状，延缓病情。