肛窦炎的患者应该到正规的医院做肛门指诊的检查。来明确括约肌的紧张度，以及肛窦和肛乳头是否有硬结和是否出现触痛的现象，同时可以做肛门镜的检查，来明确肛乳头以及肛窦是否有红肿充血的现象。然后可以根据医生的指导使用一些消炎抗感染的药物，外用涂抹于局部来进行治疗，必要的时候可以使用中药坐浴的方式来治疗。如果肛窦炎经药物治疗没有效果的情况下，或者是肛窦内已经形成脓肿的情况下，应该尽早地采用手术的办法来进行治疗。