阴茎内部尿道里面疼痛，常见于尿道炎和尿道结石，尿道炎的患者常出现尿频，尿急，尿道流脓或者分泌物，尿痛，尿不尽等临床症状，多是因为尿道逆行感染致病菌导致的。尿道炎的患者，因为尿道黏膜被致病菌破坏，可以导致尿道疼痛，尤其在排尿时或排尿后，症状会比较明显。尿道结石的患者，因为结石堵塞和挤压尿道，也可导致阴茎内部和尿道里面的疼痛，同时，在结石处的尿道，还可以触及质硬的结节，患者还可以出现排尿困难的症状，比如出现尿潴留，尿线变细，排尿滴沥，血尿等，需要引起重视。