儿童早上起来咳嗽的病因有以下几种：如患儿如果有过敏性鼻炎，那么由于睡觉时体位的改变，鼻腔的分泌物倒流会刺激咽部出现咳嗽症状。另外，如果患有呼吸系统疾病，如扁桃体炎或者是支气管炎、支气管肺炎，那么口咽部会有一些炎性分泌物，如痰液的增多。那么早上起床时，由于长时间的囤积，会刺激咽部出现咳嗽症状。另外，如果室内的温度过高，空气过于干燥，那么也会在儿童早上起床时出现咽部咳嗽，那么可以通过多饮水、雾化以及口服止咳化痰药物来进行治疗。并且要尽早进行原发病的处理，避免咳嗽症状加重。