双侧肾脏结石合并有左肾囊肿，需要了解具体的病情，进一步分析如何治疗，比如结石的位置、大小，囊肿的大小、位置，是否与集合系统相通等，同时还要了解是否合并有肾脏积水等来综合判断。1、囊肿的治疗原则上，囊肿最大径小于4cm以下以临床观察为主，大于4cm以上可考虑B超引导下穿刺或者进行腹腔镜手术处理。2、如果双侧肾脏结石最大径小于2cm以下，建议首选体外冲击波碎石治疗，如果体积大于2cm以上，建议遵照CT的情况选择软镜碎石或者经皮肾碎石，原则上先处理比较容易处理的那一侧，再处理比较难处理的这一侧，原则上需要分期处理，不能同时进行双侧结石的手术治疗。3、还可以口服药物治疗，适用于体外冲击波碎石以后，或者肾脏内的结石小于0.6cm以下，可以进行药物保守治疗。