男性生殖器疱疹的治疗，可以选择口服阿昔洛伟，伐昔洛韦，或者泛昔洛韦，疗程一般5到7天。外用药物包括阿昔洛韦软膏，喷昔洛韦乳膏，或者是薄荷炉甘石洗剂，如果局部皮疹继发感染，可以外用新霉素霜，莫匹罗星软膏，夫西地酸乳膏，以及复方多粘菌素b软膏。