龟头下面有肉芽最常见的原因为阴茎珍珠疹，当然也不排除尖锐湿疣或者阴茎癌等相关性病变，建议到医院进一步检查后明确原因，具体如下：1、阴茎珍珠疹为白色或者乳白色肉芽样结构，质地柔软，一般不会产生明显疼痛，大小、数目也不会发生明显变化，常见于包皮过长或者包茎患者，属于一种良性疾病，不需处理，也不会引起任何症状。如过分在意，可以考虑进行激光或者电刀电灼治疗。2、尖锐湿疣或病毒性疣所致疾病，常见于性传播疾病而起，肉芽呈菜花样或乳头样突起，表面伴有分泌物、恶臭、出血等，需要进行切除以后进行病理检查，明确诊断后进行抗病毒等相关性治疗。3、阴茎癌早期表现为局部肉芽样改变，随年龄增长、时间推移可逐渐增大，并且侵犯全部龟头和尿道口，造成疼痛、出血等症状，需要进行组织活组织检查后明确诊断，手术切除处理。