月经过后腰疼和小肚子疼，可能与下列因素有关：一，可能是盆腔炎或附件炎引起的，可以到医院做彩超检查，同时做妇科内诊检查来综合分析，给予诊断。二，痛经，因为痛经是指的是在月经前或月经后，或者经期有腰疼和下腹部疼痛，继发性痛经往往发生于某些疾病的基础上，如子宫内膜异位症或盆腔炎。三，可能与宫内节育器有关。四，可能是腹部受凉及饮食不当导致的肠道疾病而引起的小肚子疼。五，如果这次月经有推迟或月经量减少，月经过后出现了腰疼和小肚子疼，可能是怀孕后引起的先兆流产的症状，或异常妊娠而引起的肚子疼。