肾囊肿内存在结石，这种情况要根据患者的症状，结石的大小，对于肾脏实质的挤压以及造成的损害来综合判断治疗，或者是不治疗，以及治疗的方法。如果肾囊肿体积较小，囊肿内存在的结石也较小，这种情况下可以暂时不必处理，只需要定期复查就可以了。如果囊肿较大或者结石较大，对身体以及肾脏造成局部的挤压，这种情况下是需要进行手术治疗的，可以采用腹腔镜下的囊肿去顶减压术，一并处理结石，也可以应用介入穿刺，经皮肾镜的方式进行处理。