在一些特定的条件下，结核杆菌的形态，致病力，药物敏感性等特征可发生改变，如形成l型细菌，产生耐药菌株等。耐药性为结核杆菌重要的生物学特性，按其产生机制可分为选择性突变耐药，适应性耐药，质粒介导耐药和交叉耐药等类型。从细菌流行病学角度，可分为原发耐药和继发耐药。耐药的产生主要与基因突变有关，如利福平耐药与IPOB基因突变有关，耐异烟肼与AHPC基因有关，耐药的发生常有不合理的抗菌治疗引起。此外，药物质量差，患者吸收障碍，治疗依从性差，HIV感染等也是耐药发生的重要因素。