桥本甲状腺炎的治疗主要是针对甲状腺功能异常的治疗，桥本甲状腺炎是自身免疫性甲状腺炎里面最常见的一种，是免疫系统在保护甲状腺时，出了错误，产生自身的误伤。桥本甲状腺炎可出现甲状腺的肿大，但往往甲状腺会缩小，甲状腺的功能有可能出现异常，甲状腺功能可以表现甲状腺激素水平增高，既可是破坏性增高，也可是甲状腺合成、分泌甲状腺激素增多，绝大部分桥本甲状腺炎功能最后往往出现减退。治疗主要是针对功能的异常，如果甲状腺功能减退，使用左甲状腺激素替代治疗。如果甲状腺激素水平增高有两种情况，如果是破坏性增高，需要对症治疗，不需要使用抗甲状腺的药物，如果是桥本甲亢，合成甲状腺激素增多，同样需要抗甲状腺的药物，甚至手术或同位素的治疗。另外，在桥本甲状腺炎治疗期间，要避免有些误区，应避免使用各种所谓的中药或硒制剂，因为没有临床证据能够改变结局，要关注桥本甲状腺炎有可能合并甲状腺癌，如果发现甲状腺恶性肿瘤，应该积极的诊断，正确的治疗。