经期口腔溃疡可以通过漱口水清理口腔，同时还可以予以局部用药治疗口腔溃疡，如消炎消肿以及促进伤口愈合的药物。对于经期口腔溃疡的治疗，与非经期口腔溃疡治疗没有明显差别；但是因为月经期免疫力低下，因此患有口腔溃疡时愈合能力会比较慢，因此治疗时间会相对更长。