肛门脓肿的治疗方法，主要是分为非手术的药物保守治疗，以及通过手术的方式进行治疗。如果患者的手术时机尚不成熟，或者是由于工作、学习、生活、时间上不允许，无法进行手术治疗，可以先通过抗生素药物的保守治疗，局部可以涂抹消毒剂，涂抹抗生素软膏，同时口服抗生素药物，也可以通过静脉输液的方法，进行抗生素药物的应用。如果患者的手术时机成熟，还是建议通过手术进行治疗。目前在临床上也多是采用根治性的手术，在最大程度上降低了术后的复发几率。在手术之后，患者也一定要做到规范换药，促进术后伤口的愈合，减少术后疼痛、出血、复发等相关的并发症。