孩子早上起来咳嗽，多见于呼吸系统里的炎症反应，比如支气管炎、急性上呼吸道感染、肺炎等。由于孩子身体抵抗力有所下降，引起细菌、病毒、衣原体、支原体、立克次体等病原体侵入呼吸道内，引起黏膜壁水肿、充血或者大量炎性分泌物渗出。其中也包含活的和死亡的大量病原体以及脱落的组织碎片、炎症反应代谢产物等。在晚上后半夜时，机体的交感神经相对比较兴奋，身体分泌也比较旺盛，促使呼吸道内的分泌物增多，等到早晨起来，积聚一晚上的分泌物也会刺激呼吸道，从而引起咳嗽。