二甲双胍常见的不良反应，包括腹泻，恶心呕吐、胃胀乏力、消化不良，胃部不适及头痛，一般发生在治疗早期，绝大多数在治疗前10周。随着治疗时间的延长，多数患者可以逐渐耐受，上述不良反应可基本消失。国内报道，二甲双胍的胃肠道反应发生率为15%。研究显示，二甲双胍从每天1000毫克起始治疗，其胃肠道反应发生率为24%。二甲双胍有效降糖的剂量范围为每天500~2000毫克，为减少不良反应，建议从小剂量开始，逐渐增加剂量。如果二甲双胍增加剂量后出现胃肠道反应，可降至之前的较低剂量，耐受后再尝试增加剂量。二甲双胍缓释剂型可能具有更好的胃肠道耐受性。