沙眼的治疗包括全身和眼局部药物治疗，以及对并发症的治疗，局部主要用0.1%利福平眼药水，0.1%酞丁胺眼药水，或者是0.5%新霉素眼药水等滴眼液，每天四次。夜间使用红霉素类，四环素类眼膏，疗程最少10到12周，经过一段时间治疗后，在上睑结膜仍可能存在滤泡，但这并不是治疗失败的依据。急性期或者是严重的沙眼引起全身应用抗生素治疗，一般治疗，一般疗程为3到4周，口服多西环素一百毫克每天两次，或红霉素一克每天，分四次口服，七岁以下儿童以及孕期妇女，忌用四环素，避免产生牙齿和骨骼损害，手术矫正倒睫以及睑内翻，防止晚期沙眼瘢痕形成，导致失明的关键措施。