得了肛瘘，应该进行手术治疗，肛瘘不能自愈，如不治疗还会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。肛瘘的治疗原则是正确寻找并确定内口，最小甚至不切断外括约肌，防止术后肛门失禁。肛尾韧带可以纵切开，不可横切断，避免造成肛门塌陷和肛门前移，肛瘘创面要保持底小口大，保证创面愈合先从基底部开始，使肛管内伤口先行愈合，以防皮肤表面过早粘连闭合而再次形成瘘，愈合瘢痕越小越好。手术治疗方法很多，手术应根据内口位置的高低，瘘管与肛门括约肌的关系来选择，手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。常用方法分为三类，瘘管切开术，挂线疗法，肛瘘切除术，由此三类基本方法不同组合进一步演生出许多其他治疗方法。